三氟拉嗪的副作用包括鎮靜催眠藥和安定類的藥物反應，有時可出現全身無力、眩暈、震顫、皮疹或全身癥狀如發熱，抑郁，便秘。個別患者可能出現體位性低血壓、消化道癥狀以及中毒性弱視。由于它能夠進入腦組織，也可產生中樞的不良反應，比如記憶力、注意力下降。此外，由于它有抗膽堿作用，可能會引起口干、瞳孔散大、視力模糊等。

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